集团研究院下设五个研究所和五个中心：动物营养研究所、育种工程技术研究所、环境与资源技术研究所、肉食品技术研究所、智能与信息技术研究所，国家级企业技术中心、福建省猪前期营养生物饲料企业工程技术研究中心、动物医学中心、分析测试中心、高新项目中心。
截至目前，集团拥有高级专业技术职称人员200余人，其中博士15人，硕士180余人，注册会计师12人，大多来自国内一流的院校和科研机构，具有较强的科研创新能力。
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